طراحی و سنتز آنتی سنس پروب جدید غیرنوکلئیک اسیدی و ارزشیابی میانکنش آن با باکتری bacillus subtilis

از نظر تئوری، همه فرایندهای بیوشیمیایی به وسیله داروهای ویژه آنتی سنس یا آنتی ژنی شبه dna قابل کنترل هستند. داروهای فعلی مورد استفاده از این نوع، دارای نقایصی از قبیل پایداری کم در مقابل نوکلئازها، اتصال غیرویژه به پروتئین های سلولی، نفوذپذیری و حلالیت پایین، تمایل ناکافی به dna دورشته ای و حساسیت پایین هستند. در تلاش برای غلبه بر این مشکلات ، مشابه های اولیگونوکلئوتیدی با تغییرات جزئی انجام شده در پیوند فسفودی استر یا واحد قندی طراحی شدند، اما این تغییرات ایده آل نبودند. در سال 1991، نیلسن و همکارانش با استفاده از یک برنامه ساده مدل سازی کامپیوتری نتیجه گرفتند که ساختار فسفودی استر بطور کامل با یک ساختار کاذب پپتیدی که فواصل بین بازها در آن مشابه dna طبیعی است ، قابل جایگزین شدن می باشد. این فرضیه در نهایت منجر به سنتز و ارزیابی زیست شناختی پروب های اسید پپتید نوکلئیک (pna) در بسیاری از پروژه های متنوع پزشکی شد. این مولکول های جدید نه تنها در سلول پایدارتر از dna هستند بلکه به علت نداشتن بار الکتریکی، نسبت به اسیدنوکلئیک طبیعی 50 تا 100 مرتبه قویتر به dna و rna طبیعی متصل می شوند. فناوری pna، در بسیاری از تحقیقات کاربردی زیست شناسی مولکولی فناوری بسیار گرانبهایی خواهد بود چون افق جدیدی را در طراحی داروهای پرقدرت آنتی سنس و زی حسگرهای dna یا حسگرهای ژنی خواهد گشود. روش ما برای سنتز pna همان روشی است که در مجلات معروف به چاپ رسیده و تغییرات جزئی در آن اعمال شده است . ابتدا، چهار مونومر pna ساخته می شوند که هر مونومر دارای یکی از بازهای طبیعی حفاظت شده یا حفاظت نشده در گروه آمینی است . واحد ساختاری هر مونومر از ان - (-2آمینواتیل) گلایسین ساخته شده است که از طریق یک گروه متیلن کربونیل به باز متصل است . اولیگومریزاسیون با روش سنتز پپتید روی فاز جامد مریفیلد با استراتژی boc انجام می شود. پروب ساخته شده با توالی (n)lys-ttat-lys (c) با باکتری b.subtilis برهم کنش موثری می دهد.